Alelski profil izolata Xanthomonas campestris pv. campestris sa kupusa u Srbiji (Pesticides and Phytomedicine / Pesticidi i fitomedicina, 2020)
Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc), prouzrokovač crne truleži kupusa (Brassica oleracea var. capitata L.) svrstava se među najvažnije fitopatogene bakterije koje utiču na pravilno razviće kupusa, dovodeći do gubitka težine glavice i njenog kvaliteta i na taj način drastično smanjuje njegovu ekonomsku vrednost. Ovaj patogen je genetički heterogen, što se ogleda kroz prisustvo dokazanih jedanaest rasa i više od trideset kombinacija alelskih profila širom sveta. Zbog svega navedenog, cilj ovog rada je determinacijaalelskih profila Xcc sojeva poreklom sa kupusa prikupljenih 2014. godine. Analiza je vršena kod tri reprezentativna Xcc soja čija je DNK amplifikovana primenom lančane reakcije polimeraze (PCR) sa četiri konzervativna gena - dnaK, fyuA, gyrB i rpoD, a zatim sekvencirana i korišćena za determinaciju alelskih profila. Alelski profili su određivani poređenjem sa 33 Xcc soja izolovana sa različitih domaćina i regiona, čiji su alelski profili prethodno utvrđeni. Non-redundant baza podataka (NRDB) od pubMLST je korišćena za determinaciju alaleskih profila, a Phyloviz softver za konstrukciju Minimum Spanning stabla. Dobijeni alelski profil za sve Xcc sojeve sa kupusa iz Srbije je 1, 3, 1, 1 za gene dnaK, fyuA, gyrB i rpoD, redom. Ovaj profil je označen kao tip sekvence 2 (ST2) i podudara se sa portugalskim B. oleracea Xcc sojem CPBF 213 poreklom sa B. oleracea var. costata. Veza između tipa sekvence (ST) i biljke domaćina nije pronađena.
Keywords: Xanthomonas campestris, crna trulež, kupus, genetska raznovrsnost, alelski profil